노무현 전 대통령의 자살을 둘러싼 핵심 쟁점의 하나는 과연 검찰수사가 정당하냐, 그것이 정치보복이냐는 것이다. 조선, 중앙, 동아는 검찰수사가 기본적으로 정당하다고 주장한다. 특히 현재 권력구조에서는 대통령 임기 중에 대통령의 권력남용이나 부패를 감시하는 게 사실상 불가능하기 때문에 임기 말이나 후의 사정작업이 불가피하다고 강조한다. “대통령이라는 최고 권력을 감시할 마지막 기관인 검찰 역시 대통령 인사권 아래 놓여져 대통령과 그 주변의 눈치만을 봐 왔다. 대통령 임기가 끝나는 5년마다, 아니면 대통령 권력이 쇠퇴하기 시작하는 임기 말에야 대통령과 그 가족 그리고 그 주변이 검찰에 불려 다니면서 사법 처리되는 일이 되풀이됐던 것도 이 때문이다”, 따라서 “정부와 국회, 학계와 시민사회단체, 국민 모두가 참여해 대한민국의 부패 특히 그 가운데서도 대통령 부패에 관한 근본 대책을 세워야 한다”고 주장한다. 또한 중앙일보는 “분명한 근거 없이 검찰 책임론을 몰아붙이거나, 책임지는 사람이 있어야 한다고 주장하는 건 갈등을 부추기는” 행위이며 이는 “아무도 원망하지 마라”는 고인의 뜻과 어긋난다고 점잖게 충고까지 하고 있다.